Review Pharmacophore
Di era sekarang sudah banyak ditemukan cara desain obat guna menemukan obat baru dengan efek samping lebih minimal salah satunya COMPUTER ASSISTED DRUG DESIGN (CADD) merupakan aplikasi komputer lebih terkini sebagai perangkat dalam proses desain obat. Aplikasi langsung dari CADD yakni mengoptimalkan kesesuaian ligan dengan suatu bagian aktif (site) pada reseptor. Namun bagaimana pun kesesuaian optimal dalam suatu site target tidak menjamin bahwa aktivitas yang diinginkan dari suatu obat akan meningkat atau efek samping akan diminimalkan. Karena pendekatan ini tidak mempertimbangkan farmakokinetika dari obat.
Dalam mengenal pemetaan bagian yang aktif dari suatu senyawa (site mapping), maka perlu dilakukan identifikasi pharmacophore, yaitu suatu bentuk struktur analog dari senyawa tersebut. Pharmacophore merupakan suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi geometri dari site reseptor. Berdasarkan informasi yang tersedia, suatu kajian dapat menggunakan metode desain molekular berbasis ligan atau reseptor. Pendekatan berbasis ligan dapat digunakan jika struktur site reseptor tidak diketahui, tetapi suatu seri senyawa yang telah diidentifikasi menunjukkan aktivitas yang menarik. Agar agar digunakan lebih efektif, suatu kajian sebaiknya memiliki senyawa-senyawa yang mirip dengan aktivitas yang tinggi, tanpa aktiviats, dan dengan aktivitas yang menengah. Dalam mengenal pemetaan bagian yang aktif dari suatu senyawa (site mapping), maka disitulah fungsi suatu ilmu pharmacophore.
Identifikasi Pharmacophore :
1. Posisi relatif suatu molekul ~ Reseptor
2. Konformasi aktif molekul
3. Penting untuk merancang obat
Contoh Pharmacophore Morphin, struktur morfin yaitu :
bagian penting dari reseptor morphin adalah cincin aromatik. Yang diberi tanda garis putus-putus berwarna merah
Adapun beberapa analog dari morphin adalah metazocine dan levorphanol (antalgin):
dan turunan dari metazocine adalah pentazocine yang lebih hebat:
Dalam mengenal pemetaan bagian yang aktif dari suatu senyawa (site mapping), maka perlu dilakukan identifikasi pharmacophore, yaitu suatu bentuk struktur analog dari senyawa tersebut. Pharmacophore merupakan suatu perwujudan dari sekumpulan kelompok gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi geometri dari site reseptor. Berdasarkan informasi yang tersedia, suatu kajian dapat menggunakan metode desain molekular berbasis ligan atau reseptor. Pendekatan berbasis ligan dapat digunakan jika struktur site reseptor tidak diketahui, tetapi suatu seri senyawa yang telah diidentifikasi menunjukkan aktivitas yang menarik. Agar agar digunakan lebih efektif, suatu kajian sebaiknya memiliki senyawa-senyawa yang mirip dengan aktivitas yang tinggi, tanpa aktiviats, dan dengan aktivitas yang menengah. Dalam mengenal pemetaan bagian yang aktif dari suatu senyawa (site mapping), maka disitulah fungsi suatu ilmu pharmacophore.
Identifikasi Pharmacophore :
1. Posisi relatif suatu molekul ~ Reseptor
2. Konformasi aktif molekul
3. Penting untuk merancang obat
Contoh Pharmacophore Morphin, struktur morfin yaitu :
bagian penting dari reseptor morphin adalah cincin aromatik. Yang diberi tanda garis putus-putus berwarna merah
Adapun beberapa analog dari morphin adalah metazocine dan levorphanol (antalgin):
dan turunan dari metazocine adalah pentazocine yang lebih hebat:
(R)-Pentazocine
(S)-Pentazocine
Ada beberapa ikatan kimia yang dapat terjadi misalnya :
1. Ikatan Hidrogen: Gaya tarik antar molekul yang terjadi antara atom Hidrogen dengan atom yang memiliki keelektronegatifan tinggi dan memiliki pasangan elektron bebas dari atom dengan keeelektronegatifan tinggi lainnya. (Misal: C,N,O,S).
2. Ikatan ionik: Terjadi transfer elektron dari satu atom ke atom lainnya.oleh karena berpindahnya elektron, maka ada atom yang kedapatan elektron menjadi bermuatan negative, sedangkan atom yang kehilangan elektron akan bermuatan positif.
3. ikatan Van Der Walls: Terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar, molekul-molekul polar, atau antara molekul non polar dengan molekul polar.
Konformasi Aktif :
1. Diadopsi ketika terikat dengan site target
2. identitas 3D pharmacophore
3. Banyak ikatan maka efikasi makin tinggi
Pertanyaan:
1. Jenis ikatan yang paling kuat dan stabil dari ikatan morfin?
2. Mengapa semakin banyak ikatan maka efikasinya makin tinggi?
3. Tujuan utama identifikasi farmakofor?
saya akan mencoba mnjawab nomor 1
BalasHapusmenurut yang saya baca ikatan yang kuat dan stabil adalah ikatan kovalen
Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu
Wahh saya baru tau kalau ikatan kovalen kuat sekali ya ana, dan hebatny lgi pd suhu normal dpt brsifat irreversibel. Dan hanya dpt pecah jk ada bantuan enzim, brrti dalam suhu yg panas bkan?
Hapusmenurut saya nomor 2 itu sudah jelas ikatannya banyak maka mmberikan dampak dan memberikan ikatan kuat dan stabil tentu efisiensinya tinggi
BalasHapusapakah yang saya paparkan sudah benar?
mnurut sy jg bgitu jika byk yg berikatan dgn reseptor maka akan smakin kuat terikat dg reseptor tentunya akan brpengaruh ke efek biologisnya
HapusNamun ada bbrp artikel yg saya baca kalau ikatan dlam suatu senyawa trlalu byk maka es yg ditimbulkan jg akan byk, bkan begitu jg sin? Na?
Hapussaya setuju dengan ana dan shindy, sepertinya jika semakin banyak ikatannya efek obat akan semakin baik.
HapusMenurut saya tujuan utama identifikasi farmakofor adalah sebagai dasar untuk merancang suatu obat baru.
BalasHapussaya setuju dengan jawaban kak haviza dimana perancangan dan modifikasi obat selanjutnya bertujuan untuk mendapatkan obat baru dengan aktivitas yang dikehendaki, antara lain yaitu meningkatkan aktivitas obat, menurunkan efek samping atau toksisitas, meningkatkan selektifitas obat memperpanjang masa kerja obat, meningkatkan kenyamanan penggunaan obat dan meningkatkan aspek ekonomi obat.
HapusSaya akan menambahkan jwban pada point nmr 1. Farmakofor ini dapat Menentukan gugus-gugus penting yang dapat berikatan dengan reseptor, Menentukan posisi relative 3D gugus-gugus molekul dengan target, Bagaimana konformasi aktif dari molekul, Penting sebagai dasar untuk merancang obat, Penting sebagai dasar untuk penemuan obat baru
Hapusmenurut saya jawaban no 3 tujuan dari identifikasi farmakofor yaitu:
BalasHapus- Menentukan gugus-gugus penting yang dapat berikatan dengan reseptor
-Menentukan posisi relative 3D gugus-gugus molekul dengan target
- Bagaimana konformasi aktif dari molekul
- Penting sebagai dasar untuk merancang obat
- Penting sebagai dasar untuk penemuan obat bar
saya sangat setuju sekali dengan jawaban kak Ana, pada dasarnya Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.
BalasHapus